コラーゲンとは三本鎖ヘリックス構造を保持した分子量30万のたんぱく質です。
この三本鎖ヘリックス構造が熱などにより、構造が壊れたたんぱく質がゼラチンです。
ゼラチンとの違いは、一次構造（アミノ酸組成）は同じで、２次構造が変異していることになります。
ゼラチンは、主に動物の骨・皮・腱・ウロコなどに含まれているコラーゲンを分解・精製して得られる分子量数万～数十万の動物繊維のたんぱく質ということです。
１８種類以上のアミノ酸からなっている動物性たんぱく質をコラーゲンといいます。
またアミノ酸の配列・順序も決まっていて、基本的にグリシン、プロリン、ヒドロキシプロリンの順で構成されています。プロリンとヒドロキシプロリンの間にアリシンやグルタミン酸などのアミノ酸が含まれてしまっていて、アミノ酸構成の順番が異なっているものは全てゼラチンなのです。また、ヒドロキシプロリンというアミノ酸が含まれていないものは全てゼラチンといえるそうです。
ゼラチンもコラーゲンも胃でアミノ酸に分解され、小腸・肝臓に吸収されます。肝臓に吸収されたアミノ酸はビタミンＣとともにコラーゲンとして再合成されるのです。
もっとも重要なのが、この際にアミノ酸構成が違うゼラチンは体内に吸収されても、再合成する量が極端に少なくなるため、本来必要としている作用や効果は期待できないということが起きます。
このアミノ酸も水に溶けやすく吸収しやすくするために２つ以上必要でありアミノ酸を結合させるためにペプチド化しなければなりません。
ですから、コラーゲンペプチド（ゼラチン由来）と表記されているものは全てゼラチンなのです。
ゼラチンもコラーゲンもアルカリ分解と酸分解のものがありますが、酸分解のものは発がん性の恐れがあるので食用には適していないそうです。
コラーゲンをその形のまま抽出するには、低温加水分解法によるしかないそうです。この方法は、純度の高い高品質なものが抽出できるのですが、精製に６０日間～９０日間と長期間必要で手間がかかるため、多くのものが３～４日で製造できる煮出し製法によりつくられているのです。
煮出し製法はゼラチンと油に分け、ゼラチンをペプチド化する方法で、製造コストが安くつく代わりに吸収率が悪く効果がでるのに時間がかかったり効果が出ない場合もあるそうです。この原因は分子が１万～３万と非常に大きいために吸収率が悪くなるのですね。